Геймплеят на Proteus въвлича играчите в изследване на безлюден остров с минималистичен процедурно генериран свят (procedurally generated). Играта не следва определен сценарий – въздействащата атмосфера, създадена чрез визия и звук, е нещото, което превръща Proteus в уникално преживяване.
